R은 다른 연구실에 학부연구생으로 잇을 때 공부해봣는데 C 를 알면 배우기 수월한거 같았어요. python 은 찾아보도록하겠습니다!!! 근데 생물학적 의의를 찾는 일은 프로그래밍보다는 통계분석과 생물학을 많이다루는건가요??
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아 그리고 혹시 실험실에 들어가실 때는 supercomputer를 일상적으로 사용하고 있는 랩을 고르세요. 요즘 데이터가 워낙 커서 workstation 정도로 감당할 수 있는 수준이 아닙니다.
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다행히 제가 생물학과 수학을 재밋어하는 편이라 다행이에요 3학년 2학기쯤에 학부연구생으로 들어가서 여러가지 실험하는법 배워보는 것도 괜찮은 거 같아요 정말 많이 알아봐야할거같음 ㅜㅜ
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근데 보통 데이터량이 많을 때 시간이 너무 걸리는 경우가 있는데요.. 제 경험으론 몇만개의 데이터를 노트북에서 R로 돌리려고 하니 하루종일 걸리던데 슈퍼컴퓨터를 사용하면 이런 점이 어느정도 보완되나요??
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작업의 종류에 따라서 많이 다를 수 있습니다. 개인적으로 R은 supercomputer에서 사용하기 많이 불편하더군요 (제가 잘 모르는 것일 수도 있습니다). Supercomputer 활용도 하나의 학문입니다. 이를 구현하는 시스템도 몇가지로 나뉘고요. 그런데 의외로 parallel programming을 제대로 배울 수 있는 기회가 별로 없습니다.
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paralle programming 이 어떤 것인가요???
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아직 대학원생이라 정확하게는 모르겠습니다만, 주변 동료나 선후배들을 보면 실험과 코딩을 동시에 하는 사람은... 여태까지 본 적이 없네요. 생명정보학을 하는 사람은 보통 wet-lab에는 손을 대지 않는 것으로 알고 있습니다. 프로그래밍 스킬이 CS 전공자 수준으로 많이 필요하지는 않다고 하더군요.
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CS 수준으로 필요하진않군요 ㅜㅜ 정말 다행인거같아요 그래도 어느정도로 필요한지는 감이안잡히네요 ㅠ
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주변에서 보신 것을 너무 일반화해서 말하면 왜곡된 정보를 제공할 수 있습니다. Bioinformatics or Computational Biology를 전공하면서 직접 Web-lab 같이 하는 연구자 많이 있습니다. 두 부분 다 Excellent 하다면 다른 연구자보다 더 성공할 가능성이 있다고 봐야 겠죠? Bioinformatics/Computatioal Biology를 전공하시기 위해서는 BT, IT중 적어도 한 분야는 Excellent해야 합니다! 그리고 다른 분야도 잘 해야 합니다. 그저 그런 정도 수준으로 공부하신다면 그저 그런 정도 수준의 연구자가 되는거지요. 지나가다 남깁니다.
vagabond (2013-10-24 10:53)
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정말 좋은 설명감사합니다 !!!! SQL,Python Perl 등은 R과 비슷하게 C를 알면 어느정도 익히기 수월한가요?? big data에서 java가 많이 쓰인다고 들었는데, 맞는지 정확히모르겟네요..
vagabond (2013-10-24 11:14)
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경험 상, C만 제대로 알면 나머지 언어들은 길어야 1주일이면 (너무 짧은가요?, OOP는 조금 다를 수 있지만..) 어느 정도 사용하는 데 지장이 없습니다. 전산학을 연구하는 입장이 아니라면, 프로그래밍언어는 tool이기 때문에 소속 기관이 어디냐, 무슨 일을 하느냐에 달렸다고 보면 됩니다.
Java도 좋겠지만... Python에서 C코드를 불러 쓸 수 있기 때문에, 시간이 별로 없고 빨리 해결해야 하며 비교적 간단한 문제라면 Python, performance가 문제라면 C (C++), 필요 시에는 주 실행 부분을 C로 만들어 붙여 쓰면 됩니다. Python은 기본적으로 OOP라서 prototype 개발용으로 쓰고, 실제 구현은 수행 속도가 더 빠른 언어를 사용하기도 합니다.
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수행속도가 더빠른 언어는 어떤것이잇죠??? 아직 전산에관해 아는게 없어 계속 질문하네요 ㅠㅠ
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프로그램에 대해 압박을 좀 받으시는거 같은데 "난 한 놈만 패"라는 마음으로 하나를 제대로 사용할 것을 강추합니다.
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코딩은 쓸거면서 제대로 배워두지 않으면 두고두고 힘듭니다.
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지금 남은 4달동안 c++ 과 java 중에 하나를 해야할지, 아니면 c 를 좀더해서 C 코딩 능력을 길러야할지 고민이에요.. 근데 요즘 java 로 바뀌는 추세라고해서(bioinformatics 쪽도 어느 연구실은 java를 쓴다고 되잇더라고요) java를 할거같기도하네요
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도움이 될지 모르겠지만 리눅스도 필요하다고 하더라고요..
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그 글도 본 거같아요!! ㅋㅋ 하 되게 많네요.. 전과까지해서 남들보다 2년 늦어버린지라 남은 학부과정동안 최대한 많은걸 해보고싶은마음은큰데
anonymous (2013-10-24 23:19)
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저도 주로 펄로 알고리즘 짜고 파싱,마이닝 합니다~윗분들 말씀대로 굳이 모든 언어를 다 잘할필요는 없습니다~ 리눅스와 스크립트 언어 (펄 또는 파이썬)하나만 잘하시면 됩니다~디비쪽을 하실꺼면 또 틀리지만요~
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감사합니다ㅜㅜ 근데 펄이 속도가 빠른편인가요?? 글고 디비 가 어떤거에요???
anonymous (2013-10-27 08:11)
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펄 빠르지요~얼마전에 나온 논문중에서 생물정보학에서 주로 사용하는 언어 비교한 논문이 있었는데 주로 펄과 파이썬이었습니다~ 펄은 정규표현식만 잘쓰면 적은 코딩으로도 왠만한 데이터 처리 다하죠~아마 파이썬도 비슷할겁니다~ 그리고 디비는 데이터베이스를 얘기한거에요~(DB)ㅋ
저와 비슷한 길을 목표로 하셔서 반갑네요.^^ 저는 지금 생물정보학 실험실에서 연구 중입니다. 제가 2년동안 경험한 범위 안에서 느낀 점을 설명드리면, 프로그래밍은 기초적인 수준(컴공1~2학년 수준)이면 데이터를 다루는데 문제가 없습니다. 그냥 비효율적인 코딩이라도 돌아가기만 하면 됩니다. 진짜 중요한 것은 생물학입니다. 교과서 충실하게 읽으시고, 관련분야 논문들 자주 보셔서 학부동안 기초 쌓는 것 추천드립니다. 분석하려는 게 뭔지도 모르는 상태에서 코딩하는 것은 의미가 없고, 데이터 나온 것을 해석하는 것도 생물학 깊이가 없으면 해석 불가하거나 잘못된 결론을 냅니다. 결과 데이터 자체가 굉장히 복잡하기 때문에 그렇습니다. 따라서 자바든 C든 둘 중 하나 선택하셔서 반복해서 코딩하시고 일정 수준에 도달하였으면, 비중을 생물학이나 통계 쪽으로 두시는 게 좋을 것 같습니다.
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와 정말 반가워요!!! ㅋㅋ 통계는 아직 와닿지는 않는데 수학과 다중전공하면서 깊은 이해할만큼 필요한가요?? 물론 수학과 수업은 제가 관심잇어서 일단 많이듣긴할건데..
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c든 자바든 하나를 제대로 꿰차는게 중요합니다. 그러고 나면 다른걸 써야한다고 해도 툴에 적응이 빠릅니다. 프로그래밍 실력이 필요한겁니다.. 언어 실력보다 말이죠. 대충해놓으면 그 툴은 쓴다고 해도 하던게 달라지면 고생하게 되고요. 물론 이거만 죽어라 잡고 있으라는 얘긴 아닙니다만...
